The Locations Feature (e.g. warehouses) is supported by magnalister.

When importing orders magnalister uses Shopify's so-called "Product Inventory Policy",
which allows you to assign different Shopify stores to each of your products.su

During order import magnalister informs the Shopify API (interface) how many products are
included in an order. The Shopify API then claims the inventory according to your
warehouse configuration ("Product Inventory Policy").

Here’s an example:
You have assigned Warehouse X to Product A. A customer now buys Product A and magnalister
imports the order with ordered quantity to your webshop. Shopify will now automatically claim
the stock from the Warehouse X, because it is assigned to the product in Shopify.